มาชูปิกชูตั้งอยู่ห่างจากเมืองกุสโกไปทางทิศตะวันตกเฉียงเหนือประมาณ 70 กิโลเมตรบนยอดของทิวเขามาชูปิกชู ที่ระดับ 2,350 เมตรจากระดับน้ำทะเล สถานที่แห่งนี้นับเป็นศูนย์กลางที่มีความสำคัญยิ่งทางโบราณคดีของอเมริกาใต้ และเป็นตัวดึงดูดนักท่องเที่ยวเกือบทุกคนที่มาเยือนประเทศเปรู
จากยอดเขา ณ หน้าผามาชูปิกชู เป็นหน้าผาที่มีลักษณะดิ่งชันสูงถึง 600 เมตรจากฐานที่เป็นแม่น้ำคือ แม่น้ำอารูบัมบา ที่ตั้งของตัวเมืองนับเป็นความลับทางการทหารก็เนื่องจากการเป็นหน้าผาสูงชันที่มีอันตรายที่เป็นปราการป้องกันธรรมชาติอันยอดเยี่ยมนั่นเอง
ในปี พ.ศ. 2546 มีผู้คนประมาณ 400,000 คน ไปท่องเที่ยวที่มาชูปิกชู และยูเนสโกได้ส่งข้อความสารแสดงถึงความเสียหายจากนักท่องเที่ยวที่ไปเป็นจำนวนมาก แต่ทางผู้มีอำนาจของทางเปรูบอกว่าเรื่องนั้นไม่ใช่ปัญหา แต่ถึงอย่างไรการคัดค้านนั้นทำให้มีการเรียกเก็บเงินจากผู้ที่ไปเที่ยวชมและจำกัดจำนวนผู้เช้าชม และได้มีการเสนอให้ติดตั้งรถกระเช้า แต่ข้อเสนอนี้ถูกปฏิเสธอยู่ตลอดและดูไม่มีทางจะเป็นไปได้ทุกที