หลังจากนั้นประมาณ 263 ปี ระบอบปกครองภายใต้โชกุนถูกล้มล้างโดยการปฏิรูปเมจิ อำนาจการปกครองจึงกลับคืนมาสู่จักรพรรดิอีกครั้ง ในปี ค.ศ. 1869 จักรพรรดิเมจิทรงย้ายเมืองหลวงมาที่เอะโดะและเปลี่ยนชื่อเมืองเป็นโตเกียว โตเกียวจึงกลายเป็นศูนย์กลางทางการปกครองและวัฒนธรรมของประเทศ และการที่จักรพรรดิทรงย้ายมาประทับจึงทำให้โตเกียวกลายเป็นเมืองหลวงอย่างเต็มตัว ปราสาทเอะโดะถูกเปลี่ยนเป็นพระราชวังหลวง