นอกจากการกระจายยาผ่านทางโรงพยาบาล และสถานบริการสาธารณสุขทั่วประเทศแล้ว องค์การเภสัชกรรมได้จัดให้มีร้านยาขององค์การเภสัชกรรม เพื่อเป็นช่องทางให้การกระจายยาสู่ผู้บริโภคโดยตรง โดยจัดจำหน่ายยาและเวชภัณฑ์ทั้งที่ผลิตโดยองค์การเภสัชกรรม และผู้ผลิตอื่นๆ ในราคาย่อมเยา
ร้านขายยาองค์การเภสัชกรรม ตั้งอยู่ในเขตกรุงเทพและปริมณฑลรวม 9 แห่ง ดังนี้