เฟอร์ดินันด์ มาเจลลันมาถึงหมู่เกาะฟิลิปปินส์ในปี ค.ศ. 1521 มีเกล โลเปซ เด เลกัสปี มาถึงฟิลิปปินส์ในปี ค.ศ. 1565 (พ.ศ. 2108) และตั้งชุมชนชาวสเปนขึ้น ซึ่งนำไปสู่การตั้งอาณานิคมในเวลาต่อมา
หลังจากนั้น นักบวชศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิกได้แปรศาสนาของชาวเกาะทั้งหมดให้หันมานับถือศาสนาคริสต์ ในช่วง 300 ปีนับจากนั้น กองทัพสเปนได้ต่อสู้กับเหตุการณ์กบฎต่าง ๆ มากมาย ทั้งจากชนพื้นเมืองและจากชาติอื่นที่พยายามเข้ามาครอบครองอาณานิคม
สเปนสูญเสียไปมากที่สุดในช่วงที่อังกฤษเข้าครอบครองเมืองหลวงเป็นการชั่วคราวในช่วงสงครามเจเจ็ดปี
หมู่เกาะฟิลิปปินส์อยู่ใต้การปกครองของสเปนในฐานะอาณานิคมของสเปนใหม่ (New Spain) นับตั้งแต่ปี ค.ศ. 1565 ถึงปี ค.ศ. 1821 จากนั้นฟิลิปปินส์ก็อยู่ใต้การปกครองของสเปนโดยตรง
ฟิลิปปินส์เคยตกเป็นอาณานิคมของสเปนและสหรัฐอเมริกา หลังสงครามโลกครั้งที่ 2 ได้รับเอกราชในวันที่ 4 กรกฎาคม พ.ศ. 2489 จึงจัดการปกครองตามระบอบประชาธิปไตย ตามแบบสหรัฐอเมริกา โดยมีประธานา ธิบดีเป็นประมุขและเป็นหัวหน้าคณะผู้บริหารประเทศ