ต่อมาอีกประมาณ 3 ปี คือราว พ.ศ. 2431 ในสมัยที่ นายพยอม เป็นครูใหญ่ ผู้คนในละแวกใกล้ไกลนิยมส่งบุตรมาเข้าเรียนมาขึ้น ทำให้สถานที่เล่าเรียนคับแคบ พระวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้า พระอรุณนิภาคุณากร พระผู้ก่อกำเนิดโรงเรียนวัดราชบพิธ จึงได้ทรงให้ย้ายไปทำการสอนที่ชั้นล่างของตำหนักที่ประทับของพระองค์ (ปัจจุบันสถานที่แห่งนี้คือที่ตั้งขออาคารภุชงค์ประทานวิทยาสิทธิ์ 1 ซึ่งเป็นอาคาร 3 ชั้นที่อยู่ติดกับสุสานหลวง) แต่กระนั้นก็ตาม ผู้คนก็นิยมส่งบุตรมาเข้าเรียนจนสถานที่ชั้นล่างของตำหนักนั้นไม่เพียงพออีก พระองค์จึงทรงประทานศาลารายรอบบริเวณให้ใช้เป็นห้องเรียนอีก 3 หลัง ในยุคนี้โรงเรียนวัดราชบพิธมีเพียงชั้นประถม 1 - 4 เท่านั้น มีนักเรียนประมาณ 100 คน และ หลวงชำนาญอนุสาสน์ (รอด รักตะประจิตร) เป็นครูใหญ่