ช่วงเวลาที่ดีที่สุดในการเที่ยวถ้ำมรกตคือช่วงที่น้ำขึ้นเต็มที่ในแต่ละวัน เนื่องจากจะเห็นทะเลสาบสีมรกตงดงามและเวลาที่แสงจะลอดปากปล่องถ้ำมรกตลงมา คือระหว่าง 10.00-14.00 น. การลอดถ้ำสามารถทำได้ตลอดเวลา เดือนที่เหมาะสมในการท่องเที่ยวคือระหว่างเดือนธันวาคม