การดูแลความสะอาดของผ้าขนหนู มีวิธีที่สามารถทำได้ง่ายๆ คือ ควรซักผ้าขนหนูอย่างน้อยอาทิตย์ละ 1 ครั้ง ถ้าจะให้ดีควรซักด้วยน้ำร้อน เพื่อฆ่าเชื้อแบคทีเรียก่อน ก่อนที่จะซักด้วยผงซักฟอกธรรมดาในภายหลัง แต่ไม่ควรใช้น้ำยาปรับผ้านุ่ม เพราะจะทำให้ผ้าดูดซับน้ำได้น้อยลง, เมื่อใช้ผ้าขนหนูเช็ดตัวจนเปียกแล้ว ไม่ควรกองไว้ที่ใดที่หนึ่ง ควรเอาไปแขวนไว้ในที่ที่อากาศไหลเวียน ถ่ายเทได้สะดวก เพื่อให้ผ้าขนหนูแห้งโดยเร็ว หรือหากจะตากไว้ในห้องน้ำ ก็ควรแน่ใจว่า บริเวณนั้นแห้ง และอยู่ห่างจากความชื้นพอสมควร, และผ้าขนหนูที่ต้องการซัก ไม่ควรทิ้งไว้หรือหมักหมมอยู่ในตะกร้านานๆ เพราะเชื้อราจะเจริญเติบโตได้ดีในที่ที่มีความชื้นแบบนี้