หมู่บ้านญี่ปุ่น ตั้งอยู่ที่ตำบลเกาะเรียน สามารถเดินทางจากวัดพนัญเชิงไปอีกประมาณ 1 กิโลเมตร ก็จะเห็นอาคารผนวกหมู่บ้านญี่ปุ่นตั้งอยู่ทางด้านขวามือ ในสมัยกรุงศรีอยุธยามีชาวต่างประเทศเข้ามา ค้าขายเป็นจำนวนมาก ญี่ปุ่นเป็นชนชาติหนึ่งที่เดินทางเข้ามาในสมัยนั้น
เมื่อทางการญี่ปุ่นอนุญาตให้ชาว ญี่ปุ่นค้าขายกับชาวต่างชาติได้โดยให้มีหัวหน้าปกครองในกลุ่มตน นับแต่นั้นมาชาวญี่ปุ่นก็เข้ามาอาศัยในกรุงศรีอยุธยามากขึ้น หัวหน้าชาวญี่ปุ่นในขณะนั้นคือ นากามาซา ยามาดาเป็นผู้มีอำนาจและเป็นที่โปรด ปรานของสมเด็จพระเจ้าทรงธรรม จนได้รับแต่งตั้งเป็นออกญาเสนาภิมุขรับราชการต่อมาจนได้รับแต่งตั้ง ให้เป็นเจ้าเมืองนครศรีธรรมราชจนสิ้นชีวิต
ปัจจุบันสมาคมไทย-ญี่ปุ่นได้จารึกเรื่องราวประวัติความเป็นมาของหมู่บ้านญี่ปุ่นในสมัยกรุงศรี อยุธยามาจัดแสดงไว้ภายในหมู่บ้านญี่ปุ่น และปรับปรุงบริเวณหมู่บ้านให้เป็นอาคารผนวกของศูนย์ศึกษา ประวัติศาสตร์อยุธยา รวมทั้งจัดแสดงเรื่องราวความสัมพันธ์ระหว่าง อยุธยากับต่างประเทศ เพื่อเผยแพร่ให้ ความรู้แก่บุคคลทั่วไป