ความเป็นมา: เนื่องจากพื้นที่ป่าไม้ถูกทำลายลงไปเป็นอันมาก ทำให้เกิดปัญหาทรัพยากรป่าไม้ถูกทำลาย รัฐจึงมีนโยบายที่จะแก้ปัญหาดังกล่าว โดยการอนุรักษ์ทรัพยากรป่าไม้ในรูปของป่าอนุรักษ์ที่มีความอุดมสมบูรณ์อยู่แล้วไว้ในลักษณะของอุทยานแห่งชาติ จังหวัดเชียงรายได้มีหนังสือ ที่ ชร 0009/17043 ลงวันที่ 20 มิถุนายน 2537 จัดส่งรายงานการสำรวจเบื้องต้นและขอให้กรมป่าไม้พิจารณาจัดตั้งพื้นที่ป่าสงวนแห่งชาติป่าแม่ปืม ป่าแม่พุง ป่าห้วยต้นยาง และป่าห้วยแม่แก้ว ในท้องที่อำเภอพาน อำเภอป่าแดด จังหวัดเชียงราย อำเภอแม่ใจ จังหวัดพะเยา พื้นที่ประมาณ 219,087 ไร่ เป็นอุทยานแห่งชาติ โดยที่ประชุมคณะอนุกรรมการป้องกันและปราบปรามการลักลอบทำลายทรัพยากรป่าไม้ จังหวัดเชียงราย ครั้งที่ 1/2537 เมื่อวันที่ 8 มีนาคม 2537 และครั้งที่ 2/2537 เมื่อวันที่ 7 เมษายน 2537 ได้มีมติเห็นชอบในหลักการให้ดำเนินการจัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติ
สำนักอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติได้ตรวจสอบพิจารณารายงานการสำรวจเบื้องต้นพื้นที่ดังกล่าวโดยเจ้าหน้าที่หน่วยป้องกันรักษาป่า สำนักงานป่าไม้จังหวัดเชียงรายแล้ว เห็นสมควรจัดตั้งพื้นที่ดังกล่าวเป็นอุทยานแห่งชาติตามที่จังหวัดเชียงรายเสนอ โดยเห็นควรให้ นายชวลิต โล่ห์คุณสมบัติ นักวิชาการป่าไม้ 5 อุทยานแห่งชาติเขื่อนศรีนครินทร์ จังหวัดกาญจนบุรี ไปดำเนินการสำรวจเพิ่มเติมและจัดตั้งพื้นที่ดังกล่าว เป็นอุทยานแห่งชาติ โดยให้ทำหน้าที่หัวหน้าอุทยานแห่งชาติแห่งนี้ด้วย
อุทยานแห่งชาติแม่ปืมได้ดำเนินการสำรวจและจัดตั้งมาตั้งแต่ปี พ.ศ. 2537 มีพื้นที่อยู่ในจังหวัดเชียงรายและจังหวัดพะเยา มีเนื้อที่ประมาณ 356 ตารางกิโลเมตร หรือ 222,500 ไร่ โดยมีพื้นที่ 2 ส่วน คือ
ส่วนที่ 1 อยู่ในเขตป่าสงวนแห่งชาติป่าดอยปุย อำเภอเมือง จังหวัดเชียงราย ป่าสงวนแห่งชาติป่าห้วยต้นยาง และป่าห้วยแม่แก้ว อำเภอพาน จังหวัดเชียงราย เนื้อที่ 108 ตารางกิโลเมตร หรือ 67,500 ไร่
ส่วนที่ 2 อยู่ในเขตป่าสงวนแห่งชาติป่าแม่ปืมและป่าแม่พุง อำเภอพาน อำเภอป่าแดด จังหวัดเชียงราย อำเภอแม่ใจ อำเภอเมือง จังหวัดพะเยา ป่าสงวนแห่งชาติป่าน้ำแม่ปืม และป่าดงประดู่ อำเภอแม่ใจ อำเภอเมือง จังหวัดพะเยา และป่าสงวนแห่งชาติป่าแม่ฮ่องป้อ ป่าห้วยแก้ว และป่าแม่อิงฝั่งซ้าย กิ่งอำเภอภูกามยาว จังหวัดพะเยา เนื้อที่ 248 ตารางกิโลเมตร หรือ 155,000 ไร่
ตามรายงานการประชุมคณะกรรมการอุทยานแหงชาติ ครั้งที่ 2/2538 เมื่อวันที่ 18 พฤษภาคม 2538 เรื่องการจัดตั้งอุทยานแห่งชาติแม่ปืม พื้นที่ที่สำรวจจัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติแม่ปืม เป็นพื้นที่ป่าสงวนแห่งชาติ ป่าแม่ปืม และป่าแม่พุง ในท้องที่ตำบลป่าแงะ ตำบลโรงช้าง ตำบลศรีโพธิ์เงิน อำเภอป่าแดด จังหวัดเชียงราย ตำบลสันมะเค็ด ตำบลดอยงาม ตำบลเวียงห้าว ตำบลทานตะวัน อำเภอพาน จังหวัดเชียงราย ตำบลป่าแผก ตำบลบ้านเหล่า อำเภอแม่ใจ จังหวัดพะเยา ป่าสงวนแห่งชาติป่าดอยปุยในท้องที่ตำบลสันทราย ตำบลป่าอ้อดอยชัย ตำบลหมอกแก้ว ตำบลดงมะดะ อำเภอเมืองเชียงราย จังหวัดเชียงราย และป่าสงวนแห่งชาติป่าต้นยาง และป่าห้วยแม่แก้ว ในท้องที่ตำบลเจริญเมือง ตำบลแม่อ้อ อำเภอพาน จังหวัดเชียงราย เนื้อที่ประมาณ 227,312 ไร่ หรือ 363.70 ตารางกิโลเมตร เป็นป่าต้นน้ำลำธารของน้ำแม่ปืม