สภาปฏิรูปแห่งชาติ (สปช.) จะผ่านหรือไม่ผ่านร่างรัฐธรรมนูญก็ตาม แต่เหตุผลของฝ่ายที่เห็นชอบและไม่เห็นชอบ จะกลายเป็นวิวาทะทางการเมืองสืบไป โดยเฉพาะเรื่องคณะกรรมการยุทธศาสตร์การปฏิรูปและการปรองดองแห่งชาติ (คปป.) ฝ่ายสนับสนุนอ้างว่าเป็นความจำเป็น ในช่วง “ประชาธิปไตยเปลี่ยนผ่าน” แต่ฝ่ายคัดค้านมองว่าเป็น “รัฐซ้อนรัฐ”
ร่างรัฐธรรมนูญร่างแรก ที่คณะกรรมาธิการยกร่างฯ เสนอต่อประชาชน มีบทบัญญัติเรื่อง คณะกรรมการยุทธศาสตร์การปฏิรูปแห่งชาติ และสภาขับเคลื่อนการปฏิรูปแห่งชาติ แต่ไม่มีเสียงคัดค้าน เพราะเป็นองค์กรตามรัฐธรรมนูญปกติ มีหน้าที่ผลักดันการปฏิรูปประเทศให้ต่อเนื่อง ด้วยการเสนอแนะนโยบายการปฏิรูป ต่อรัฐสภาและคณะรัฐมนตรี แต่ไม่มีอำนาจเหนือ
แต่ “ขึ้นต้นเป็นลำไม้ไผ่ พอเหลาๆไปกลายเป็นบ้องกัญชา” ร่างสุดท้ายที่เสนอต่อ สปช.ได้ให้กำเนิด คปป.เป็นองค์กรที่ไม่ยึดโยงกับประชาชน และไม่อยู่ใต้การตรวจสอบ แต่มีอำนาจเหนือรัฐบาลและรัฐสภา สามารถสั่งการระงับยับยั้งหรือกระทำการใดๆ ทั้งทางนิติบัญญัติหรือบริหาร โดยไม่ต้องขอความเห็นชอบจากใคร แค่ “รายงานเพื่อทราบ”
อำนาจพิเศษของ คปป.ในบท เฉพาะกาล อ้างว่าจำเป็นเพื่อแก้ไขภาวะวิกฤติในระยะเปลี่ยนผ่าน พูดกันว่า “ขอแค่ 5 ปีให้เดินยุทธศาสตร์ชาติ แค่นี้ก็ยังให้กันไม่ได้” ในความเป็นจริงก็คือขอให้มี “เผด็จการชั่วคราว 5 ปี” เพราะบางฝ่ายอาจ จะเชื่อว่าเผด็จการที่ดีมีคุณธรรม จะทำให้ประเทศชาติมีความสงบสุข มั่งคั่งยั่งยืนได้ดีกว่าประชาธิปไตย แต่ คปป.ไม่ใช่ “องค์กรชั่วคราว” ที่มีอายุแค่ 5 ปี แต่เป็นองค์กรถาวรตามบททั่วไปของรัฐธรรมนูญ ส่วนที่มีอายุ 5ปี คืออำนาจพิเศษตามบทเฉพาะกาล เรื่องที่น่ากังวลก็คือ “อำนาจที่ไม่มีการตรวจสอบและถ่วงดุล” เป็นอันตราย เพราะมักจะนำไปสู่การลุแก่อำนาจ ผู้เผด็จการหลายคนเริ่มต้นปกครองประเทศ ในฐานะ “ขวัญใจประชาชน” แต่สุดท้ายกลายเป็น “ทรราช”
แม้แต่ในบททั่วไป ซึ่งจะต้องใช้บังคับตลอดไป ก็ยังให้ คปป.มีอำนาจเหนือรัฐบาล ตัวอย่างเช่น ถ้า คปป.เสนอแผนปฏิรูปหรือปรองดอง รัฐบาลจะต้องดำเนินการ ถ้าไม่สามารถดำเนินการได้ต้องชี้แจงเหตุผลต่อรัฐสภา และ คปป.สามารถบังคับรัฐบาลให้ดำเนินการโดยยืนยันด้วยคะแนนเสียง 3 ใน 4 ถ้าขัดขืน รัฐบาลอาจถูกถอดถอนได้
วิธีการเช่นนี้ถูกมองว่าเป็นการปกครองแบบ “รัฐซ้อนรัฐ” อาจนำไปสู่ความขัดแย้งระหว่างรัฐบาลจากเลือกตั้งกับ คปป. และอาจนำไปสู่วิกฤติรัฐธรรมนูญ หรือวิกฤติการเมือง ซึ่งตรงกันข้ามกับเจตนารมณ์ของร่างรัฐธรรมนูญ ที่มุ่งสู่ความสงบสุขและปรองดอง ความขัดแย้งตั้งเค้าในพรรคประชาธิปัตย์ก็เป็นผลสืบเนื่องมาจากปัญหา คปป.