ด้านการพาณิชย์
๑. ประเทศไทยน้าเข้าสินค้าจากประเทศญี่ปุ่นมากเป็นอันดับ ๑ ขณะที่การส่งออกของไทยไปญี่ปุ่นมีปริมาณสูงเป็นอันดับ ๒ รองจากการส่งออกไปจีน ในอีกด้านหนึ่ง เมื่อมองจากทางฝ่ายญี่ปุ่น การส่งออกและน้าเข้าต่อไทย มีสัดส่วนดังนี้ คือ ส่งออกร้อยละ ๔.๕ (ส่งออกมาประเทศไทยเป็นอันดับที่ ๖) และนำเข้าร้อยละ ๓.๐ เท่านั้น (นำเข้าจากประเทศไทยเป็นอันดับที่ ๑๐) (๒๕๕๓)
๒. โดยสภาพรวมแล้ว ญี่ปุ่นได้เปรียบดุลการค้าสูงมากต่อเนื่องมา ตั้งแต่ครึ่งหลังของคริสต์ทศวรรษที่ ๑๙๘๐ (พ.ศ. ๒๕๒๘-๒๕๓๒) จากการเติบโตทางเศรษฐกิจของไทยและการลงทุนโดยตรงของญี่ปุ่น ที่เพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็ว ท้าให้การน้าเข้าสินค้าเพื่อการผลิต และสินค้ากึ่งสำเร็จรูปเพิ่มมากขึ้น ส่งผลให้ความไม่สมดุล ทางการค้า ขยายตัวออกไปอีก
๓. โดยโครงสร้างแล้ว ญี่ปุ่นส่งออก เครื่องจักร อุปกรณ์โลหะ และผลิตภัณฑ์จากโลหะ เคมีภัณฑ์ เป็นต้น
ให้ไทย (โดย ๓ รายการที่กล่าวมาคิดเป็นประมาณร้อยละ ๙๐ ของการส่งออกทั้งหมด) เดิมทีสินค้าที่นำเข้าจากไทย จะเป็นประเภทอาหาร (เช่น กุ้งแช่แข็ง เนื้อไก่ น้ำตาล) และวัตถุดิบ เป็นต้น แต่ในระยะหลัง การน้าเข้าสินค้าจ้าพวก เครื่องจักรอุปกรณ์ เพิ่มขึ้น