สำหรับพยาธิสภาพของลำไส้เล็กเมื่อตรวจทางกล้องจุลทรรศน์พบแบบเดียวกับที่พบใน Isosporiasis ผิดกันตรงลักษณะของเชื้อปรสิตสำหรับ Cryptosporidiosis นั้นพบเชื้อมีขนาดกลมเล็กขนาดประมาณ 2-4 ไมครอนที่บริเวณ brush-border ของเซลล์เยื่อบุผิวลำไส้ ทั้งระยะ trophozoites schizonts gametocytes และ oocysts