นมีข้อจ้ากัดมาก โดยกำหนดว่าต้องผ่านการตรวจสอบสารพิษตกค้างจากกรมวิชาการเกษตร ก่อนส่งออกไปประเทศญี่ปุ่น สำหรับพืชผักผลไม้ที่ญี่ปุ่นอนุญาตให้น้าเข้า ได้แก่
1. ผักสด ๒๑ ชนิด ได้แก่ คื่นช่าย คะแยง กะหล้่าใบ คะน้า ยี่หร่า ส้มป่อย/ชะอม ผักชีฝรั่งผักชีลาว ผักชี โหระพา ใบกะเพรา ใบสะระแหน่ ใบบัวบก ใบแมงลัก ใบมะกรูด แพรว ถั่วลันเตา ตะไคร้ ผักเป็ด กระเจี๊ยบเขียว และผักกระเฉด
2. ผลไม้สด ๖ ชนิด ได้แก่ ทุเรียน กล้วย สับปะรด มะพร้าว มังคุด มะม่วง (๕ พันธุ์ คือ มหาชนก แรด หนังกลางวัน พิมเสนแดง และน้ำดอกไม้)
• มีการควบคุมปริมาณการน้าเข้า โดยกำหนดโควตาภาษีสำหรับสินค้าเกษตร เช่น แป้งมันสำปะหลัง ข้าว สับปะรดกระป๋อง เป็นต้น และสินค้าอุตสาหกรรม เช่น ยางสังเคราะห์ ผ้าทอจากไหม รองเท้า เป็นต้น
• หลักเกณฑ์การได้แหล่งกำเนิดสะสม (Accumulation rules) ภายใต้ GSP ค่อนข้างเข้มงวด และยุ่งยาก ไม่สอดคล้องกับรูปแบบการผลิตสินค้าในปัจจุบัน ลู่ทางทางการค้าและการลงทุนความร่วมมือระหว่างภาคธุรกิจญี่ปุ่นกับบริษัทต่างชาติเพื่อพัฒนาสินค้าและบริการ และสร้างสรรค์เทคโนโลยีและนวัตกรรมใหม่ ๆ มีเพิ่มมากขึ้นในปัจจุบัน โดยญี่ปุ่นเป็นแหล่งลงทุนที่มีความสนใจ โดยนอกเหนือไปจากตลาดที่มีขนาดใหญ่เป็นอันดับสองของโลกและผู้บริโภคมีกำลังซื้อสูง ทางการญี่ปุ่นยังได้ดำเนินการปรับ Co-operate Law เมื่อเดือนมิถุนายน ๒๕๔๘ เพื่อที่การเข้ามาลงทุนจัดตั้งบริษัทในญี่ปุ่นจะเป็นไปได้ง่ายขึ้น โดยยกเลิกเงื่อนไขในการกำหนดเงินทุนขั้นต่ำและได้ปรับกฎเกณฑ์ในการบริหารจัดการบริษัทและการควบรวมกิจการให้มีความยืดหยุ่นมากขึ้น นอกจากนี้ การเดินทางเข้าประเทศและระยะเวลาการพักอาศัยในญี่ปุ่นได้มีการปรับปรุงแก้ไขให้มีความยืดหยุ่นมากขึ้นโดยที่การขยายตัวของประชากรที่มีอายุตั้งแต่ ๖๕ ขึ้นไป คิดเป็นสัดส่วนถึงร้อยละ ๒๐ ของประชากรในประเทศ และในปี ๒๕๕๐ ประชากรในยุค Baby boom จะเกษียณอายุประมาณ ๖.๙ ล้านคน