สร้างดัชนี(index : .ndx) โดยใช้ำาสั

สร้างดัชนี(index : .ndx) โดยใช้ำาสั่ง make_ndx ในชุดโปรแกรม GROMACS เพื่อกำหนด กลุ่มในการควบคุมอุณหภูมิ แก้ไขจำนวนโมเลกุลหรืออะตอมในไฟล์ .top ให้ตรงกับจำนวน โมเลกุลหรือ อะตอมในระบบ จากนั้นรวมไฟล์ทั้งหมด โดยใช้คำสั่ง grompp แล้วนำไฟล์ .tpr ที่ได้ไปไว้ใน cluster เพื่อคำนวน MD simulation โดยใช้ 24 CPUs ในการคำนวณโดยแบ่งการคำนวณ PME 12 CPUs และ คำนวนแรง 12 CPUs ความเร็วในการคำนวนอยู่ที่ 7 ns ต่อวัน

ผลลัพธ์ (อังกฤษ) 2:

Index (index: .ndx) by ใchgma make_ndx in order to determine the application suite GROMACS temperature control. Fixed a number of molecules or atoms in the file. Top to match the number of molecules or atoms in the system and then include all the files using the command grompp then files. Tpr that has gone into the cluster to calculate the MD simulation using 24 CPUs in. Calculated by dividing the calculation PME 12 CPUs and 12 CPUs to calculate the speed of the calculations are 7 ns per day.

ผลลัพธ์ (อังกฤษ) 3:

Create index (index: NDX) using take order make_ndx in series GROMACS program to determine the group in temperature control Number of molecules or atoms in the edit files.Top to match the number of molecules or atoms in the system, then all file. Using the grompp the files.TPR have gone in the cluster to calculate MD simulation using 24 CPUs in calculation the calculation PME 12 CPUs and calculated the strength 12 CPUs. The speed calculation in 7 ns per day
.