ภาษาอินโดนีเซียเป็นทำเนียบภาษามาตรฐานของภาษามลายูรีเยาหมายถึงภาษามลายูคลาสสิกที่ใช้ในราชสำนักของรัฐสุลต่านมะละกา จากเดิมที่มีผู้ใช้กันในภาคตะวันออกเฉียงเหนือของเกาะสุมาตรา ภาษามลายูได้กลายเป็นภาษากลางในบริเวณหมู่เกาะที่เป็นประเทศอินโดนีเซียในปัจจุบันมาหลายร้อยปี จารึกเกอดูกันบูกิตเป็นหลักฐานที่เก่าที่สุดที่ใช้ภาษามลายูโบราณซึ่งเป็นภาษาราชการในสมัยจักรวรรดิศรีวิชัย ตั้งแต่ราวพุทธศตวรรษที่ 12 เป็นต้นมา ภาษามลายูโบราณได้มีการใช้ในหมู่เกาะอินโดนีเซีย เห็นได้จากจารึกสมัยศรีวิชัย และจารึกอื่น ๆ ตามบริเวณชายฝั่ง เช่นที่เกาะชวา การติดต่อค้าขายโดยชาวพื้นเมืองในเวลานั้นเป็นสื่อกลางในการแพร่กระจายของภาษามลายูโบราณในฐานะภาษาทางการค้า และกลายเป็นภาษากลางที่มีผู้ใช้อย่างแพร่หลายในบริเวณหมู่เกาะ
ภาษาอินโดนีเซียในรูปแบบมาตรฐานจัดเป็นภาษาเดียวกับภาษามาเลเซีย (ภาษามลายูมาตรฐานในมาเลเซียและบรูไน) แต่มีความแตกต่างจากภาษามาเลเซียหลายประการเช่นการออกเสียงและคำศัพท์ ความแตกต่างนี้มาจากอิทธิพลของภาษาชวาและภาษาดัตช์ในภาษาอินโดนีเซีย ภาษาอินโดนีเซียยังได้รับอิทธิพลจากภาษามลายูปาซาร์ (ภาษามลายูตลาด) ที่เป็นภาษากลางในบริเวณหมู่เกาะในสมัยอาณานิคม มีการอ้างว่าภาษามลายูในมาเลเซียใกล้เคียงกับภาษามลายูคลาสสิกมากกว่า แต่ภาษามาเลเซียสมัยใหม่ก็ได้รับอิทธิพลทางด้านรากศัพท์และประโยคจากภาษาอังกฤษด้วย ประเด็นที่ว่าภาษาอินโดนีเซียมีต้นกำเนิดที่แท้จริงจากภาษามลายูระดับสูง (ภาษามลายูราชสำนัก) หรือจากภาษามลายูระดับล่าง (ภาษามลายูตลาด) กันแน่ยังคงเป็นที่ถกเถียงกันอยู่ ภาษามลายูระดับสูงเคยเป็นภาษาที่ใช้ในราชสำนักของรัฐสุลต่านยะโฮร์และในเขตบริหารของเนเธอร์แลนด์ในรัฐยะโฮร์ ส่วนภาษามลายูระดับล่างเป็นภาษาที่ใช้กันในสถานที่ซื้อขายและตามท่าเรือในกลุ่มเกาะอินโดนีเซีย นักภาษาศาสตร์บางกลุ่มกล่าวว่าภาษามาเลย์ระดับล่างนี้เป็นพื้นฐานของภาษาอินโดนีเซีย