3. การปรับปรุงระบบวัฏภาคเคลื่อนที่
หลังจากได้สภาวะที่เหมาะสมจากการคัดเลือกเบื้องต้นในขั้นตอนที่ 2 แล้ว ขั้นตอนนี้เป็นการปรับปรุงระบบวัฏภาคเคลื่อนที่ โดยทดลองเปลี่ยนแปลงอัตราส่วนระหว่างเอทานอลและน้ำในวัฏภาคเคลื่อนที่ให้มีความละเอียดมากยิ่งขึ้น โดยเพิ่ม % เอทานอลทีละ 5% เช่น 65, 70, 75, 80% แล้วประเมินการแยกระหว่างตำแหน่งของสารทั้งสองชนิดและลักษณะของตำแหน่งสารที่ปรากฏ เพื่อหาระบบการแยกที่มีประสิทธิภาพสูงสุด