โรงเรียนวัดราชบพิธได้ถือกำเนิดขึ้นมาจากโรงเรียนสอนภาษาไทยในยุคต้นของการจัดการศึกษาในระบบโรงเรียนของไทย ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ในครั้งนั้น พระวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าพระอรุณนิภาคุณากร ที่สมเด็จพระพุฒาจารย์ เจ้าอาวาสวัดราชบพิธสถิตมหาสีมาราม ได้ทรงทำความตกลงกับกรมศึกษาธิการ แต่ครั้งสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ พระองค์เจ้าดิศวรกุมาร กรมพระยาดำรงราชานุภาพ ทรงดำรงตำแหน่งอธิบดี จัดตั้งโรงเรียนวัดราชบพิธขึ้นเมื่อ ปีระกา สัปตศก จุลศักราช 1247 ตรงกับ รัตนโกสิทร์ศก 104 หรือปี พุทธศักราช 2428 ดังปรากฏหลักฐานรายชื่อโรงเรียนวัดราชบพิธ อยู่ในหนังสือราชกิจจานุเบกษา เล่ม 1 หน้า 139
พระวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าพระอรุณนิภาคุณากร ที่สมเด็จพระพุฒาจารย์
เมื่อครั้งแรกตั้งโรงเรียนนั้น พระวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าพระอรุณนิภาคุณากร ได้ทรงอนุญาตใช้ชั้นบนของตึกศาลาการเปรียญ ข้างสระน้ำด้านถนนเฟื่องนครซึ่งใช้เป็น "ภัณฑาคาร" สำหรับเก็บรักษาถาวรวัตถุของสงฆ์ เป็นสถานที่เล่าเรียนโดยมิต้องเสียค่าใช้จ่ายแต่อย่างใด ในครั้งนั้นโรงเรียนวัดราชบพิธมีนักเรียนทั้งสิ้น 53 คน มีครู 2 คน (ความปรากฏในหนังสือราชกิจจานุเบกษา เล่ม 1 หน้า 323) มีนายกวีซึ่งต่อมาได้ลาออกไปรับราชการในกรมพระอาลักษณ์ และได้รับพระราชทานบรรดาศักดิ์เป็นขุนสุทรลิขิต เป็นครูใหญ่คนแรก มีชั้นเรียนเพียงชั้นเดียว คือ ชั้นประโยคหนึ่ง โดยนักเรียนที่สอบได้ประโยคหนึ่งคนแรกของโรงเรียนคือ พระสวัสดิ์นคเรศ (มงคล อมาตยกุล) สอบไล่ได้เมื่อ พ.ศ. 2430
ต่อมาอีกประมาณ 3 ปี คือราว พ.ศ. 2431 ในสมัยที่ นายพยอม เป็นครูใหญ่ ผู้คนในละแวกใกล้ไกลนิยมส่งบุตรมาเข้าเรียนมาขึ้น ทำให้สถานที่เล่าเรียนคับแคบ พระวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้า พระอรุณนิภาคุณากร พระผู้ก่อกำเนิดโรงเรียนวัดราชบพิธ จึงได้ทรงให้ย้ายไปทำการสอนที่ชั้นล่างของตำหนักที่ประทับของพระองค์ (ปัจจุบันสถานที่แห่งนี้คือที่ตั้งขออาคารภุชงค์ประทานวิทยาสิทธิ์ 1 ซึ่งเป็นอาคาร 3 ชั้นที่อยู่ติดกับสุสานหลวง) แต่กระนั้นก็ตาม ผู้คนก็นิยมส่งบุตรมาเข้าเรียนจนสถานที่ชั้นล่างของตำหนักนั้นไม่เพียงพออีก พระองค์จึงทรงประทานศาลารายรอบบริเวณให้ใช้เป็นห้องเรียนอีก 3 หลัง ในยุคนี้โรงเรียนวัดราชบพิธมีเพียงชั้นประถม 1 - 4 เท่านั้น มีนักเรียนประมาณ 100 คน และ หลวงชำนาญอนุสาสน์ (รอด รักตะประจิตร) เป็นครูใหญ่
ในสมัยพระเจ้าวรวงศ์เธอ กรมหลวงชินวรสิริวัฒน์ สมเด็จพระสังฆราชเจ้า ทรงเป็นเจ้าอาวาสวัดราชบพิธสถิตมหาสีมารามสืบต่อมา พระองค์ได้ทรงประทาน ศาลารายหลังที่อยู่ด้านถนนเฟื่องนคร ให้ใช้เป็นสถานที่เรียนอีก 1 หลัง ด้วยทรงเล็งเห็นความอัตคัตของสถานที่เรียน โรงเรียนจึงได้ใช้ศาลารายทั้ง 4 หลัง กับชั้นล่างของตำหนักเป็นที่เรียน อย่างไรก็ดีโรงเรียนวัดราชบพิธก็ได้เจริญโดยลำดับ จนกระทั่ง พ.ศ. 2457 สถานที่เรียนก็ไม่เพียงพอ ราชบุรุษกวย ป.ป. ครูใหญ่ในขณะนั้น ได้ทูลขอชั้นบนของตำหนัก ซึ่งมีพระสงฆ์อาศัยอยู่เป็นที่เรียน พระเจ้าวรวงศ์เธอ กรมหลวงชินวรสิริวัฒน์ สมเด็จพระสังฆราชเจ้า ก็ได้มีพระเมตตาโปรดประทานให้ตามประสงค์ ในพ.ศ. 2478 สมเด็จพระสังฆราชเจ้าก็ได้ทรงประทานทุนส่วนพระองค์สร้างตึกสัมฤทธิ์วิทยาการให้เป็นที่เล่าเรียนอีก 1 หลัง ด้วยเหตุนี้จึงได้มีการยกฐานะโรงเรียนเดิมให้เป็นมัธยมตอนต้น โรงเรียนวัดราชบพิธจึงเปลี่ยนชื่อเป็น "โรงเรียนมัธยมวัดราชบพิธ" ดังปรากฏหลักฐานดวงตราที่ประทับอยู่บนหนังสือของห้องสมุดโรงเรียนหลายสิบเล่ม โรงเรียนมัธยมวัดราชบพิธในเวลานั้นมีเพียงชั้นมัธยม 1 - 3 ส่วนประถม 1 - 3 ที่มีอยู่เดิมก็ย้ายไปอยู่โรงเรียนประถมวัดสุทัศน์แทน โรงเรียนมัธยมวัดราชบพิธได้เจริญโดยลำดับ จนกระทั่งปี พ.ศ. 2467 จึงได้เริ่มเปิดชั้นมัธยมศึกษา ตอนปลาย ในสมัยที่ขุนกิตติเวทย์เป็นครูใหญ่ ปีพ.ศ. 2469 อันเป็นปีที่โรงเรียนแห่งนี้มีนักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 6 มีนักเรียนถึง 401 คน และในปี พ.ศ. 2474 นักเรียนโรงเรียนมัธยมวัดราชบพิธก็สามารถสอบไล่ได้เป็นที่ 1 ของประเทศคือ นายสุดใจ เอี่ยมอุดม