ปัจจุบันงานทางด้านชีวสารสนเทศศาสตร์

ปัจจุบันงานทางด้านชีวสารสนเทศศาสตร์ (Bioinformatics) กำลังเป็นที่สนใจ และมีการศึกษาค้นคว้าอย่างมาก โดย
เฉพาะงานที่เกี่ยวข้องกับการเข้าใจฟังก์ชั่นการทำงานของข้อมูลความหลากหลายทางพันธุกรรมมนุษย์ที่เรียกว่าสนิป (SNP) หรือ
Single Nucleotide Polymorphism ซึ่งเป็นความแตกต่างทางพันธุกรรมของมนุษย์แต่ละคนที่เกิดจากการเปลี่ยนเบสหรือนิวคลีโอ
ไทด์ (Nucleotide) เพียงตำแหน่งเดียว ทำให้เกิดความแตกต่างทางกายภาพ (Phenotype) ของมนุษย์แต่ละคนเช่น สูงต่างกัน สีผิว
ต่างกัน ตอบสนองต่อยาต่างกัน โดยเราจะพบสนิปในทุก 100-300 เบส ซึ่งข้อมูลเหล่านี้ เราสามารถนำมาสร้างเป็นแผนที่
พันธุกรรมได้ นอกจากนี้ การศึกษาสนิปยังนำไปสู่การหาตัวบ่งชี้ (bio-marker) “ปัจจัยเสี่ยง” ของแต่ละบุคคลอีกด้วย ประโยชน์
อย่างหนึ่งของการวิจัยเรื่องความเกี่ยวข้องของสนิปกับการตอบสนองต่อยาคือการช่วยให้แพทย์สามารถเลือกใช้ยาที่เหมาะกับแต่
ละบุคคล (Personalized medicine) ได้ สิ่งที่พบในปัจจุบันคือ ข้อมูลสนิป มีอยู่มากมายหลายแสนสนิปซึ่งกระจายอยู่บนแต่ละ
โครโมโซมทั้ง 23 คู่ของมนุษย์ การค้นหาและประมวลผลข้อมูลสนิปที่ต้องการจึงเป็นสิ่งที่ค่อนข้างลำบากต่อผู้ที่ต้องการใช้
ข้อมูล
งานศึกษาค้นคว้าทาง Bioinformatics นั้น เกี่ยวข้องกับความรู้แบบสหสาขา (Multidisciplinary) โดยบุคลากรจาก 2
สาขาหลักที่จะเข้ามาจัดการส่วนใหญ่ คือ สาขาอณูพันธุศาสตร์ และสาขาคอมพิวเตอร์ / คณิตศาสตร์ นักชีววิทยาจะใช้เครื่องมือ
ในห้องปฏิบัติการวิเคราะห์ผลถอดรหัสพันธุกรรมให้ได้ลำดับเบสซึ่งทำให้มีข้อบ่งชี้ (Annotation) ได้ว่าส่วนใดเป็น Exon,
Intron ส่วนใดที่ถูกแปลงเป็นโปรตีน และส่วนใดที่เป็น SNP ซึ่งข้อมูลเหล่านี้จะมีอยู่มากมายและจะถูกรวบรวมจัดเก็บและ
วิเคราะห์โดยนักคอมพิวเตอร์ ข้อมูลและผลลัพธ์ที่ถูกวิเคราะห์จากคอมพิวเตอร์จะถูกเรียกใช้จากนักชีววิทยาอีกครั้ง
ในปัจจุบันการค้นหาข้อมูลสนิปนั้นจะใช้เครื่องมือต่างๆ ที่มีอยู่ตามเว็บไซต์แต่ละแห่ง ซี่งเครื่องมือเหล่านั้นแสดงผล
พร้อมกันอย่างหนาแน่นและแออัด ทำให้หาข้อมูลที่ต้องการได้ลำบากและข้อมูลเหล่านั้นก็ต้องอาศัยฐานข้อมูลสาธารณะบน
อินเตอร์เน็ตอยู่ตลอดเวลา อีกทั้งผลลัพธ์ที่แสดงก็เป็นไฟล์ภาพนิ่ง JPEG, GIF หรือ PNG ซึ่งไม่สามารถโต้ตอบกับผู้ใช้ได้
สะดวกและยืดหยุ่นมากนัก
โครงงานนี้ ต้องการจะสร้างซอฟต์แวร์ที่อำนวยความสะดวกให้กับนักชีววิทยาในการค้นหาข้อมูลสนิป ซึ่งผู้ใช้
สามารถที่จะดูข้อมูลได้ตั้งแต่ Cytogenic band, Contig, Gene, Exon, Intron, และ SNP โดยจะแสดงผลลัพธ์ที่ไม่มากเกินไปใน
คราวเดียวซึ่งง่ายต่อการสืบค้นข้อมูลที่ต้องการและผลลัพธ์จะถูกสร้างเป็นไฟล์ SVG (Scalable Vector Graphics) ซึ่งเป็นไฟล์
รูปภาพที่มีคุณสมบัติในการตอบโต้กับผู้ใช้และถูกขยายได้อย่างไม่เสียสัดส่วนของภาพ นอกจากนี้ซอฟต์แวร์ที่สร้างขึ้น จะไม่ใช้
ฐานข้อมูลแต่จะมีข้อมูลของโครโมโซมที่จำเป็นเบื้องต้นและสามารถเพิ่มเติมได้ในอนาคตจากฐานข้อมูลบนอินเตอร์เน็ต ข้อมูล
เหล่านี้จะอยู่ในรูป Structured folders เพื่อให้การติดตั้งและการใช้งานโปรแกรมง่ายกับผู้ใช้มากที่สุด และข้อมูลที่ถูกนำมาใช้
บ่อยจะมีการ Caching เอาไว้ จุดประสงค์เพื่อเก็บเฉพาะข้อมูลที่จำเป็นต่อการแสดงผล โดยไม่ต้องเก็บข้อมูลทั้งหมด
วัตถุประสงค์ของโครงงาน
1. เพื่อสร้างเครื่องมืออำนวยความสะดวกแก่นักชีววิทยาในการค้นหาข้อมูลที่เกี่ยวข้อง
กับสนิป โดยนำ SVG มาช่วยแสดงผลข้อมูล
2. เพื่อทำการศึกษาและวิจัยการ Caching บนข้อมูลจำนวนมากซึ่งอยู่บนฐานข้อมูลขนาด
ใหญ่
3. สร้างส่วนที่ใช้เชื่อมต่อกับฐานข้อมูลภายนอก สำหรับการปรับปรุงข้อมูลในระบบ เมื่อ
ผู้ใช้ต้องการดูข้อมูลในส่วนที่ยังไม่ได้ถูกเก็บเอาไว้ในเครื่อง
วิธีการทดลอง
ผู้พัฒนาได้สร้าง Human SNP Browser ซึ่งเป็น Stand-alone Software ขึ้นมา โดยใช้เทคโนโลยี SVG ซึ่งเป็นไฟล์ภาพ
แบบ Dynamic ทำให้สามารถสร้างการตอบโต้กับผู้ใช้รวมถึงภาพเคลื่อนไหวได้ นอกจากนี้ SVG ยังเป็นไฟล์ภาพที่นิยมใช้สร้าง
เป็น GUI และใช้ในการทำ Data Visualization อีกด้วย ทำให้ซอฟต์แวร์ที่สร้างขึ้นมา มีส่วนอำนวยความสะดวกแก่ผู้ใช้งานเป็น
อย่างยิ่ง โดยจากการสอบถามจากผู้ใช้ซึ่งเป็นนักชีววิทยาพบว่า นักชีววิทยาชอบการแสดงผลข้อมูลแบบนี้ เพราะช่วยให้สามารถ
สืบค้นข้อมูลได้ง่ายกว่าเครื่องมือที่ให้ข้อมูลมากมายแออัดจนยากในการสืบค้นข้อมูลที่ต้องการ
นอกจากนี้ การสร้างให้ซอฟต์แวร์มีคุณลักษณะที่สามารถเคลื่อนย้ายไปใช้งานนอกสถานที่ได้สะดวก ทำให้การสืบค้น
ข้อมูลของนักวิจัย ไม่ต้องถูกจำกัดอยู่กับเครื่องคอมพิวเตอร์ที่เชื่อมต่ออินเตอร์เน็ตได้แต่เพียงอย่างเดียว นักวิจัยสามารถใช้
ซอฟต์แวร์ในสถานที่ที่ขาดการเชื่อมต่อกับอินเตอร์เน็ตได้ สร้างความสะดวกกับนักวิจัยเป็นอย่างยิ่ง เมื่อเทียบกับซอฟต์แวร์
อื่นๆ ที่ต้องอาศัยฐานข้อมูลขนาดใหญ่บนเครือข่ายอินเตอร์เน็ตตลอดเวลา
ในส่วนของการ Catching ข้อมูลจากฐานข้อมูลขนาดใหญ่ที่เชื่อมต่ออินเตอร์เน็ตนั้น ได้ทดลอง Catching ตามหลักการ
Locality ทั้งแบบ Temporal และ Spatial กล่าวคือ ซอฟต์แวร์จะ Cache ข้อมูลที่ถูกนักวิจัยค้นหาในขณะใดขณะหนึ่งไว้ ด้วย
เหตุผลว่า ข้อมูลที่ถูกนักวิจัยค้นหาไปแล้วนั้นมักเป็นข้อมูลที่นักวิจัยใช้ทำวิจัยอยู่ ซึ่งมีแนวโน้มว่านักวิจัยจะต้องการใช้ข้อมูล
ส่วนนั้นอีกครั้งในอนาคต นอกจากนี้ ข้อมูลบริเวณรอบข้างข้อมูลที่นักวิจัยต้องการสืบค้น ก็จะถูก Cache ไว้เช่นเดียวกัน เพราะ
ตามพฤติกรรมของนักวิจัย จะใช้ข้อมูลสนิปในช่วงบริเวณหนึ่งมากกว่าจะใช้ข้อมูลสนิปเพียงสนิปเดียว การ Cache ข้อมูลบริเวณ
รอบข้างมาไว้ก่อน ทำให้ข้อมูลไม่ต้องถูกโหลดอีกครั้งในอนาคต ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพแก่ระบบ
สรุปและวิจารณ์ผลการทดลอง
งานทางด้านชีวสารสนเทศศาสตร์ (Bioinformatics) โดยเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับการใช้ข้อมูลของความหลากหลายทาง
พันธุกรรมที่เรียกว่า สนิป นั้น ต้องอาศัยนักชีววิทยาสืบค้นข้อมูลจากฐานข้อมูลซึ่งมีอยู่มากกมายบน DNA มนุษย์ที่มีขนาดใหญ่
มาก การแสดงผลของข้อมูลเหล่านี้ในปัจจุบันอยู่บนฐานข้อมูลสาธารณะและมีการแสดงผลผ่านเว็บเบราเซอร์ในรูปแบบของ
ภาพนิ่ง JPEG หรือ GIF ซึ่งข้อมูลเหล่านี้มักถูกแสดงผลอย่างหนาแน่นและแออัด ทำให้การหาข้อมูลที่ต้องการและนำไปใช้นั้น
เป็นสิ่งที่ลำบาก
โครงงานนี้ได้นำเสนอแนวความคิดในการทยอยแสดงผลของข้อมูลขนาดใหญ่โดยใช้หลักการ Caching ข้อมูลที่ยึด
หลักพฤติกรรมการใช้งานของนักวิจั

ผลลัพธ์ (อังกฤษ) 1:

Currently working on Bioinformatics (Bioinformatics) are attractive and have a huge research studies by.Specific tasks related to understanding the function of human genetic diversity data, called Snip (SNP) or?Single Nucleotide Polymorphism, the genetic differences of the individual human being caused by changing the bass or nucleotide.Tide (Nucleotide) in only one place, causing a physical difference (Phenotype) of each human being, such as different colors, high surface.Different Respond to drugs differently, we will find tennis courts in every 100-300 bass that these data. We can generate a map.Genetic. In addition, a study to find payang snips indicator (bio-marker), the "risk factors" of each person as well. BenefitsOne of the research subject, the relevance of a tennis pakap response to the drug is helping medical medication can be selected to suit.One person (Personalized medicine) what I found today is the information there are many sniping for several hundred thousand tennis pasueng scattered on each.All 23 chromosome pairs of humans. The search and processing of information to be useful, tennis court, which is quite frustrating to those who want to use.InformationBioinformatics studies on research and knowledge related to the form (Multidisciplinary) by personnel from 2.The main branch will manage most of the molecular genetics branch, and the branch computer/mathematical biology students will use the tools.Laboratory analysis results to decode the genetic sequencing, which can provide an indication of whether any section (Annotation) as Exon,Intron which sections have been converted to proteins and SNP data, which is what these are and will be collected and stored.Analysis by computer Data and results are analyzed by a computer will be running from biologist again.Currently, the search for snips information it will use the tools that are available on each site the ngakhrueang tooth display.Massively crowded together, and makes it difficult to find the information you need and the information they must rely on the public database.Internet at all times and the results show it as a GIF or JPEG slide files, PNG, which was unable to interact with the user.Very flexible and easyThis project will create software that facilitates to the biologist to find information, which the user sniping.Unable to get information from the band Gene, Contig, Cytogenic, Exon, Intron, and SNP, showing too many results in.Once, it is easier to trace information to the file will be created as a result and SVG (Scalable Vector Graphics), which is a file.The picture that has the ability to interact with users and is expanding is not the proportion of the image. In addition, the software that is created does not use.The database will contain information of the chromosome that is required at the beginning and be more in the future from the database on the Internet. InformationThese folders are Structured so as to install and use the program easy to use and the information is used.Often it is a Caching. The aim is to collect only the information that is required to display. Without all of the information store.The purpose of the project1. to create the tools and facilities in biology to find related information.With sniping by bringing SVG help display information2. to study and research the Caching on a vast amount of information on the size of database.Big3. create a section that is used to connect to an external database. For updating the data in the system whenThe user wants to view the data in a section that has not yet been stored in the machine.Experimental methods.The developer has created a Stand-alone Browser Software, which is a Human SNP up using SVG technology, which is the image file.The Dynamic makes it possible to create a dialog with the user, as well as motion pictures. Additionally, the SVG image file that is used to create.The GUI and Data Visualization to another. The software was created. Has the best facilities available as?Especially by the user's query, a biologist discovered that biologist like this because of the data display makes it possible to.Easier information retrieval tools, informative congestion until the trace data.In addition to creating software that has features that can be moved to other places and. Make tracing.Information for researchers Does not need to be limited to computers that connect to the Internet, but alone. Researchers can use the.Software in places that lack a connection to the Internet. Creates an with the researchers, especially compared with the software.The other requires a large database on the Internet network at any time.In the section of Catching data from large databases that are connected to the Internet. The trial has been Catching on.Spatial and Temporal Locality of both, that is, the software will Cache the data, researchers find, while one with time.The reason that data is already searching for researchers, always as a researcher for research use, which is likely that researchers will want to use the data.That part again in the future. In addition, information about the surrounding area, the researchers want to trace, it is because the Cache is the same as.Based on the behavior of the researchers to use the data in more than one area, range, tennis is tennis, tennis for the clip paphiang Data Cache area information.Surrounding the first. Data does not need to be loaded again in the future. Optimize systemA summary and critique of the trial results.Jobs in Bioinformatics (Bioinformatics), especially related to using a diversity of information.Genetic called Snip it requires a biologist trace data from the database, which is available on the human DNA than larger.Much of this information is currently on the public database and displayed via a Web browser in the form of.GIF or JPEG slide show that these data tend to be massively crowded and display. To find the information you need and apply it.What is difficult.This project presents the concepts in one after another display of large amounts of data by using the Data Caching based on principle.Principles of usage habits-e

ผลลัพธ์ (อังกฤษ) 2:

Current work in bioinformatics. (Bioinformatics) are of interest. And have to study a lot. The
specific tasks related to understanding the function of the operating data of genetic diversity man called SNPs (SNP) or
Single Nucleotide Polymorphism, which is a variation of individual caused by the change. bases or nucleotides
Tide (Nucleotide) only one. Cause physical differences (Phenotype) of each human being as high a different color,
different responses to different drugs. We will find SNPs in every 100-300 bases for these data. We can create a map
genes have also studied SNPs also lead to clues (bio-marker) "Risk Factors" of the individual as well. Useful
for the development of research on the relevance of the SNPs on the response to medication is to help physicians choose the medication that works for the
individual. (Personalized medicine) is what is found in today's information SNPs are many hundreds of thousands of SNPs, which are located on each
chromosome, the 23 pairs of human searching and processing information SNPs that need would be quite something. seemed to those who want to use the
data
for the study. Bioinformatics involves interdisciplinary knowledge. (Multidisciplinary) by personnel Two
main branches that will handle most of Molecular Genetics. And computer / mathematical biologists will use
laboratory analysis to decipher the genetic sequences for which there is no indication (Annotation) that part of the Exon,
Intron where they are converted into protein. And part of the SNP which these data are available and will be collected, stored and
analyzed by computer. Data, and the results were analyzed by computer to be used by biologists again
today to find SNPs will use various tools. Available on each site. Figures are those tools display
simultaneously dense and crowded. It is difficult to make out the required information and data they require a public database on
the Internet at all times. The results are displayed as static files JPEG, GIF or PNG which the user can interact with the
convenience and flexibility of
the project. Want to create software that facilitates the biologist to find SNPs. The user
is able to see the information from Cytogenic band, Contig, Gene, Exon, Intron, and SNP, showing the results are not too many in
one place for easy retrieval of data required and the result is a file SVG. (Scalable Vector Graphics) file, which is
an image that has the ability to interact with the user and are not expanding at a ratio of the image. In addition, the software created Not to use
databases, but it is a necessary preliminary information of the genome and can be more in the future from the database on the Internet. Data
are in the form Structured folders to install and easy to use program with the most users. And the data were used
to Caching frequently it intended to collect only the information necessary to display. You do not have to keep all
the objectives of the project
first. To create a tool to facilitate the biologist to find relevant information
on SNPs by the SVG to help display
2. Caching to study and research on a lot of information on which database
version
3. Create a connection to an external database. For updates on When
users want to view the information in the files have not been kept in
the laboratory
for developers to Human SNP Browser, a Stand-alone Software by using SVG an image file
: Dynamic able to generate. user interaction, including SVG animation is also a popular image file used to create
the GUI and used in Data Visualization with the software created. The facility to the user as
well. According to a query from a user, the biologists found. Biologists like to display this information. This allows for
easier retrieval tool that provides extensive crowded and difficult to query the information they need
also. Creating a software feature that can be moved to another place easily. Make searching
the data to researchers. Not to be limited to a computer with Internet connection, but alone. Researchers can use
the software in place, the lack of connection to the Internet. To facilitate the researchers as well. Compared with software
other Which requires a large database on the Internet at all times
in case of Catching information from large databases connected to the Internet that were Catching principles
Locality both Temporal and Spatial ie, the software will Cache data being researchers. Find it at any one time. The
reason Researchers to find information that is often used is that researchers do research. It is likely that researchers will want to use
it again in the future also information surrounding the researcher wishes Cache will be the same. Because
the behavior of researchers Uses information SNPs in one area rather than just using SNPs SNPs as the Cache data area
around it before. The data does not have to be loaded again in the future. Enhance the system
summary and discussion of the experimental
work of Bioinformatics. (Bioinformatics), especially those that involve the use of a variety of
genes, called SNPs relies biologists searched from the database, which is more to the human DNA on a large
lot. The display of this information is based on current public information and is available through a Web browser in the form of
slides, JPEG or GIF This information is often display very dense and crowded. Makes finding the desired information and apply it
to what seemed
This project presents the concept of gradual display of large data by using data based Caching
main usage behavior of a phased.

ผลลัพธ์ (อังกฤษ) 3:

Current work in bioinformatics (Bioinformatics) is attracting a lot of attention and study very much by
.Specific job related to understand the functionality of the genetic diversity of human called SNP (SNP) or
.Single Nucleotide Polymorphism which is a different human genetic each people caused by changing bass หรือนิว Cleo
ty. (Nucleotide) only one position, causing physical difference (Phenotype) of each man such as high. Different color
.Different response to different drugs. We found the SNP in 100-300 bass which these data, we avoid creating a map
.Genetics. Furthermore, the SNP can lead to finding indicators (bio-marker.) "risk factors" of individuals. The benefits!