ขั้นตอนที่ 1 เป็นปฏิกิริยาเอสเทอริฟิเคชันและขั้นตอนที่ 2 เป็นปฏิกิริยาทรานเอสเทอริฟิเคชันโดยเริ่มจากปฏิกิริยาเอสเทอริฟิเคชันโดยใช้กรดเป็นตัวเร่งปฏิกิริยาและเปลี่ยนกรดไขมันที่ปนอยู่ในน้ามันให้กลายเป็นไบโอดีเซลเพื่อป้องกันการเกิดสบู่จากปฏิกิริยาสปอนนิฟิเคชันที่ทำให้ไบโอดีเซลลดลงหลังจากนั้นจึงใช้ด่างเป็นตัวเร่งปฏิกิริยาของปฏิกิริยาทรานเอสเทอริฟิเคชันเพื่อเปลี่ยนไตรกลีเซอไรด์ให้เป็นไบโอดีเซล