การศึกษาระบบที่ถูกนำเข้ามาอยู่ในหลักสูตรการศึกษาระบบปอเนาะ หรือที่นิยมเรียกกันว่า โรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลาม เป็นหลักสูตรเดียวกันกับหลักสูตรของโรงเรียนสามัญทั่ว ๆ ไปในประเทศ การศึกษาในระบบสามัญจึงเป็นตัวแทนการศึกษาและแนวทางการพัฒนาตามแบบตะวันตก หรือที่เรียกกันว่า การศึกษาทางโลก (secular education or non-religious education) ซึ่งปรัชญาทางการศึกษาในระบบนี้ได้ถูกนำเสนอไว้แล้วในตอนต้น ดังนั้น การศึกษาในระบบปอเนาะระบบที่สอง หรือโรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลามที่มีแพร่หลายในประเทศไทย จึงเป็นตัวแทนการพัฒนาการอิสลามให้สอดคล้องกับการศึกษาแบบสมัยใหม่ (modern / secular)