บันไดขั้นที่ 2 สู่ HA คือการพัฒนาในส่วนต่างๆ ของโรงพยาบาลอย่างเป็นระบบ ส่วนต่างๆ ได้แก่ หน่วยบริการ ระบบงาน กลุ่มผู้ป่วย และองค์กร พัฒนาอย่างเป็นระบบได้แก่การหมุนวงล้อการพัฒนาและการเรียนรู้ (Plan-Do-Study-Act หรือ Design-Action-Learning-Improvement) ควบคู่กับการใช้หลักคิด“เป้าหมายชัด วัดผลได้ ให้คุณค่า อย่ายึดติด)