โดยเรื่องกำเนิดของ สถานีเกษตรหลวงอ่างขาง แห่งนี้ เป็นเกร็ดประวัติเล่ากันต่อมาว่า ครั้งหนึ่งพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช เสด็จทางเฮลิคอปเตอร์ผ่านยอดดอยแห่งนี้ และทอดพระเนตรลงมาเห็นหลังคาบ้านคนอยู่กันเป็นหมู่บ้าน จึงมีพระดำรัสสั่งให้เครื่องลงจอด เมื่อเสด็จพระราชดำเนินลงมาทอดพระเนตรเห็นทุ่งดอกฝิ่น และหมู่บ้านตรงนั้นก็คือหมู่บ้านของชาวเขาเผ่ามูเซอ ซึ่งในสมัยนั้นยังไว้แกละถักเปียยาว แต่งกายสีดำ สะพายดาบ ทำการปลูกฝิ่นแต่ยังยากจน ทั้งยังทำลายทรัพยากรป่าไม้ ต้นน้ำลำธารที่เป็นแหล่งสำคัญต่อระบบนิเวศน์ ซึ่งจะก่อให้เกิดความเสียหายต่อส่วนอื่น ๆ ของประเทศได้ พระองค์มีพระราชดำรัสที่จะแปลงทุ่งฝิ่นให้เป็นแปลงเกษตร
จึงทรงมีพระราชดำริว่าพื้นที่นี้มีภูมิอากาศที่หนาวเย็น มีการปลูกฝิ่นมาก ไม่มีป่าไม้อยู่เลย และสภาพพื้นที่ไม่ลาดชันนัก ประกอบกับพระองค์ทรงทราบว่า ชาวเขาได้เงินจากฝิ่นเท่ากับที่ได้จากการปลูกท้อพื้นเมือง และทรงทราบว่าที่สถานีทดลองไม้ผลเมืองหนาว ของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ได้ทดลองวิธีติดตา ต่อกิ่งกับท้อฝรั่ง จึงสละพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์จำนวน 1,500 บาท เพื่อซื้อที่ดินและไร่ในบริเวณ ดอยอ่างขาง ส่วนหนึ่ง
จากนั้นจึงโปรดเกล้าฯ ตั้งโครงการหลวงขึ้นเป็นโครงการส่วนพระองค์ เมื่อ พ. ศ. 2512 โดยทรงแต่งตั้งให้ หม่อมเจ้า ภีศเดช รัชนี เป็นผู้สนองพระบรมราชโองการในตำแหน่งมูลนิธิโครงการหลวง ใช้เป็นสถานีวิจัยและทดลองปลูกพืชเมืองหนาวชนิดต่าง ๆ ไม่ว่าจะเป็นไม้ผล ผัก ไม้ดอกเมืองหนาว เพื่อเป็นตัวอย่างแก่เกษตรกรชาวเขา ในการนำพืช เหล่านี้มาเพาะปลูกเป็นอาชีพ ซึ่งต่อมาพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ ได้พระราชทานนามว่า "สถานีเกษตรหลวงอ่างขาง"