วัดขนอน มีส่วนสำคัญยิ่งต่อการอนุรักษ์หนังใหญ่ ทั้งในอดีตและปัจจุบัน ทางวัดได้ร่วมกับภาครัฐและเอกชน ในการนำหนังใหญ่วัดขนอนไปแสดงเผยแพร่ยังที่ต่าง ๆ ทั้งในประเทศและต่างประเทศมาแล้วหลายครั้ง ในปี พ.ศ.2532 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี องค์อุปถัมภกมรดกไทยทรงเห็นคุณค่าในการแสดง และศิลปะหนัง ใหญ่ทรงมีพระราชดำริให้ทางวัดช่วยอนุรักษ์หนังใหญ่ทั้ง 313 ตัว และจัดทำหนังใหญ่ชุดใหม่ขึ้น แสดงแทน โดยมีมหาวิทยาลัยศิลปากรรับผิดชอบงานช่างจัดทำหนังใหญ่ทั้งหมด ได้นำหนังใหญ่ชุดใหม่ที่สร้างนี้ ทูลเกล้าถวาย เมื่อวันที่ 21 มิถุนายน 2538 ณ โรงละครแห่งชาติ และทรงพระราชทานให้ทางวัดขนอน นำมาใช้ ในการแสดงต่อไป ปัจจุบันทางวัดได้จัดพิพิธภัณฑ์สถานแสดงนิทรรศการหนังใหญ่ เปิดให้ประชาชนและผู้สนใจ เข้าร่วมชมศึกษา พร้อมทั้งการสาธิตการแสดงหนังใหญ่ ตลอดจนการฝึกเยาวชนให้เรียนรู้และสืบทอดศิลป วัฒนธรรมอันทรงคุณค่านี้ครบทุกกระบวนการ เพื่อสนองโครงการตามพระราชดำริในสมเด็จ พระเทพรัตน ราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี สืบต่อไป