ส่วนใหญ่แบคทีเรียสืบพันธุ์แบบไม่อาศัยเพศที่เรียกว่า Transverse Binary Fission
บางชนิดมีการแลกเปลี่ยนสารพันธุกรรมได้ 3 รูปแบบคือ
1. Conjugation คือ การถ่ายทอดยีนจากแบคทีเรียเซลล์หนึ่งไปยังอีกเซลล์หนึ่งด้วยการจับคู่สัมผัสกันโดยตรง
2. Transformation คือ การถ่ายทอด DNA ตัวเปล่า (naked DNA) หรือ DNA อิสระจากแบคทีเรียเซลล์หนึ่งไปยังอีกเซลล์หนึ่ง
3. Transduction คือ การถ่ายทอดยีนจากแบคทีเรียเซลล์หนึ่งไปยังอีกเซลล์หนึ่งโดยอาศัยไวรัสหรือ Bacteriophage