ดรื่มต้นสารตัวอย่างผสมลงในคอลัมน์โมเลกุลของสารตัวอย่างที่เป็นกลางหรือมีประจุเหมือนกับหมู่ฟังก์ชันนอล จะไม่ถูกกักไว้ในคอลัมน์ สามารถเดินทางออกจากตอลัมน์ได้ด้วยการพาของเฟสเคลื่อนที่ ส่วนโมเลกุลที่มีประจุดตรงข้ามกับหมู่ฟังก์ชันนอล จะถูกกักไว้ในคอลัมน์โดยการแลกเปลี่ยนไอออนกับเคานเตอรไอออนของเรซิน