ประเทศอินโดนีเซีย มีอาณาเขตติดต่อกับประเทศต่าง ๆ ดังนี้
ทิศเหนือ ทิศเหนือของเกาะกาลิมันตัน ติดต่อกับรัฐซาราวัคและรัฐซาบาห์ของมาเลเซีย โดยมีสันเขาเป็นเส้นกั้นพรมแดน
ทิศตะวันออกเฉียงเหนือของเกาะอิเรียนจายา ติดต่อกับน่านน้ำของประเทศฟิลิปปินส์
ทิศตะวันออก ติดต่อกับประเทศปาปัวนิวกินี
ทิศตะวันตกเฉียงเหนือ ติดต่อกับน่านน้ำของประเทศมาเลเซีย โดยมีช่องแคบมะละกาเป็นพรมแดนระหว่างเกาะสุมาตรากับประเทศมาเลเซีย