เป็นที่น่าสังเกตว่าขบวนการอิสลามานุวัตรไม่เป็นที่แพร่หลายในทางทฤษฎีในประเทศไทย แต่ในทางปฏิบัติขบวนการอิสลามานุวัตร ได้ก่อตั้งขึ้นมาในรูปขององค์กรและสถาบัน โดยเฉพาะอย่างยิ่งสถาบันทางการศึกษาทั้งในมัธยมศึกษา เช่น โรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลามที่มีอยู่มากมายโดยเฉพาะห้าจังหวัดชายแดนภาคใต้คือ จังหวัดสงขลา สตูล ปัตตานี ยะลา และนราธิวาส และสถาบันระดับอุดมศึกษา เช่น วิทยาลัยอิสลาม ในมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์วิทยาเขตปัตตานี ปี ค.ศ.1989(38) หรือแม้แต่วิทยาลัยอิสลามยะลาที่ก่อตั้งในปี ค.ศ.1999 ในจังหวัดยะลา ซึ่งทั้งสองสถาบันดังกล่าวเกิดขึ้นในภาคใต้ของประเทศไทย อันเป็นเขตพื้นที่ที่มุสลิมอยู่อาศัยหนาแน่น คือ จังหวัดปัตตานี ยะลา นราธิวาส และจังหวัดสตูล
ส่วนสถาบันการศึกษาในระดับมัธยมศึกษา ซึ่งถือได้ว่าเป็นสถาบันที่ส่งเสริมขบวนการอิสลามานุวัตรและรับใช้สังคมมุสลิมมาเป็นเวลานานแล้ว ก็คือระบบการศึกษาแบบปอเนาะ ทั้งนี้ต้องเข้าใจก่อนว่า ระบบการศึกษาแบบปอเนาะมีสองระบบคือ การศึกษาศาสนาอย่างเดียว กับสอนระบบปอเนาะแบบบูรณาการที่นำการศึกษาศาสนาและระบบสามัญเข้าด้วยกัน ทั้งนี้ก็เพื่อให้เยาวชนมุสลเมมีโอกาสได้รับการศึกษาทั้งสองด้าน คือ ด้านศาสนา และสามัญ
ก่อนอื่นก็ต้องทำความเข้าใจเช่นกันว่า การศึกษาระบบที่ถูกนำเข้ามาอยู่ในหลักสูตรการศึกษาระบบปอเนาะ หรือที่นิยมเรียกกันว่า โรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลาม เป็นหลักสูตรเดียวกันกับหลักสูตรของโรงเรียนสามัญทั่ว ๆ ไปในประเทศ การศึกษาในระบบสามัญจึงเป็นตัวแทนการศึกษาและแนวทางการพัฒนาตามแบบตะวันตก หรือที่เรียกกันว่า การศึกษาทางโลก (secular education or non-religious education) ซึ่งปรัชญาทางการศึกษาในระบบนี้ได้ถูกนำเสนอไว้แล้วในตอนต้น ดังนั้น การศึกษาในระบบปอเนาะระบบที่สอง หรือโรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลามที่มีแพร่หลายในประเทศไทย จึงเป็นตัวแทนการพัฒนาการอิสลามให้สอดคล้องกับการศึกษาแบบสมัยใหม่ (modern / secular)
การศึกษาเช่นนี้เองที่เป็นกระบวนการหนึ่งของขบวนการอิสลามานุวัตรองค์ความรู้ (Islamization of knowledge) ถึงแม้ว่าในระบบการศึกษาเช่นนี้ยังมีข้อบกพร่องหลายประการ ที่ทำให้ขบวนการอิสลามานุวัตรในประเทศไทยไม่ค่อยประสบผลสำเร็จเท่าที่ควร ตัวอย่างข้อบกพร่องดังกล่าวคือ
ประการที่หนึ่ง การศึกษาทั้งศาสนาและสามัญยังแยกส่วนกันในด้านการเรียนการสอนอย่างชัดเจน ยังไม่มีกระบวนการการบูรณาการทางการศึกษาอิสลามกับสามัญอย่างเป็นรูปธรรม ต่างคนต่างสอนตามสาขาที่ตนเองถนัด