ศูนย์ศึกษาประวัติศาสตร์ จัดตั้งขึ้นตามโครงการที่นักวิชาการไทยและนักวิชาการญี่ปุ่นปรับขยายมาจากข้อเสนอเดิมของสมาคมไทย-ญี่ปุ่นและจังหวัดพระนครศรีอยุธยาซึ่งเคยเสนอปรับปรุงบริเวณที่เคยเป็นหมู่บ้านญี่ปุ่นให้จัดสร้างเป็นพิพิธภัณฑ์หมู่บ้านญี่ปุ่นมาเป็นการเสนอให้จัดตั้งเป็นศูนย์ศึกษาประวัติศาสตร์อยุธยา
ซึ่งจะทำหน้าที่เป็นสถาบันวิจัยและพิพิธภัณฑสถานเกี่ยวกับราชอาณาจักรอยุธยาโดยรวม และได้รับงบประมาณช่วยเหลือแบบให้เปล่าจากรัฐบาลญี่ปุ่นเป็นเงิน 999 ล้านเยน (170 ล้านบาท) เพื่อเป็นการเฉลิมพระเกียรติในพระบรมราชวโรกาสที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงเจริญพระชนมพรรษาครบ 60 พรรษา และเพื่อเป็นที่ระลึกในโอกาสที่มิตรภาพระหว่างประเทศญี่ปุ่นกับราชอาณาจักรไทยได้สถาพรยืนนานมาครบ 100 ปี
ศูนย์ศึกษาประวัติศาสตร์อยุธยาแห่งนี้แบ่งออกเป็น 2 ส่วนคือ ส่วนอาคารหลัก ตั้งอยู่ที่ถนนโรจนะ ใกล้กับมหาวิทยาลัยราชภัฏพระนครศรีอยุธยา เป็นอาคาร 2 ชั้น มีห้องจัดแสดงพิพิธภัณฑ์อยู่ชั้นบน และ อีกส่วนคือส่วนอาคารผนวก ตั้งอยู่ที่ตำบลเกาะเรียนในบริเวณหมู่บ้านญี่ปุ่น
พิพิธภัณฑ์ของศูนย์แห่งนี้มีลักษณะพิเศษแตกต่างจากพิพิธภัณฑ์อื่นคือ การพยายามสร้างภาพชีวิต สังคม วัฒนธรรมในอดีตให้กลับมามีชีวิตขึ้นใหม่ด้วยข้อมูลการวิจัย (Researched based Reconstruction) โดยการนำเทคโนโลยีของการจัดพิพิธภัณฑ์สมัยใหม่มาใช้จัดแสดงนิทรรศการซึ่งจะทำให้ผู้ชมสามารถเข้าใจชีวิตในอดีตได้ง่าย การจัดแสดงมีทั้งสิ้น 5 หัวข้อ คือ
อยุธยาในฐานะราชธานี อยุธยาในฐานะเมืองท่า อยุธยาในฐานะของศูนย์กลางอำนาจทางการเมืองและการปกครอง ความสัมพันธ์ของอยุธยากับนานาชาติและชีวิตชาวบ้านไทยสมัยก่อน ทั้งนี้นิทรรศการทุกอย่างที่นำมาแสดงในศูนย์ได้รับการตรวจสอบข้อมูลทางประวัติศาสตร์อย่างละเอียดจากคณะอนุกรรมการด้านวิชาการของคณะกรรมการอำนวยการมาแล้ว
ศูนย์แห่งนี้เปิดทำการทุกวัน เวลา 09.00 - 17.00น. อัตราค่าเข้าชมสำหรับเด็ก นักเรียนและนักศึกษา ในเครื่องแบบไม่เสียค่าเข้าชม ประชาชนทั่วไป 20 บาท ชาวต่างชาติ ผู้ใหญ่ 100 บาท เด็ก 50 บาท สอบถามรายละเอียดเพิ่มเติม โทร. 0 3524 5123-4 นอกจากนี้ด้านหลังศูนย์ประดิษฐานพระราชานุสรณ์พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว มีอาคารท้องฟ้าจำลอง เปิดให้เข้าชมวันอังคาร-อาทิตย์ เวลา 08.00 - 16.30 น. มีบรรยายวันละ 2 รอบ 11.00 น.และ 14.00 น. ค่าเข้าชม ผู้ใหญ่ 20 บาท เด็ก 10 บาท สอบถามรายละเอียดโทร 0 3532 2076-9 ต่อ 5011