อาคารที่ 2 อาคารนิทรรศการ ริมแม่นํ้าเจ้าพระยา จัดแสดงนิทรรศการยามาดะ นางามาซะ (ออกญาเสนาภิมุข) และท้าวทองกีบม้า นิทรรศการนี้ จะนำท่านย้อนวันวานขานอดีต ร่วมรำลึกถึงชาวญี่ปุ่นผู้มีบทบาทสำคัญในราชสำนักกรุงศรีอยุธยา ยามาดะ นางามาซะ และท้าวทองกีบม้า ผู้เป็นตัวแทนของชาวญี่ปุ่น ผู้ซึ่งมีความจงรักภักดี ซื่อสัตย์ต่อหน้าที่ และแสดงถึงสายสัมพันธ์อันแน่นแฟ้นยาวนานของสองประเทศที่สามารถสะท้อนถึงภาพของกรุงศรีอยุธยาเมืองท่านานาชาติที่มีความร่มเย็น ภายใต้พระบรมโพธิสมภารที่ไม่จำกัดเชื้อชาติ วรรณะ และศาสนา การจัดนิทรรศการแบ่งออกเป็น 2 ส่วนหลัก ประกอบด้วย
ส่วนที่ 1
• หมู่บ้านญี่ปุ่น ชุมชนชาวญี่ปุ่นในอยุธยาเริ่มมีขึ้นราวสมัยสมเด็จพระมหาธรรมราชาปลายพุทธศตวรรษที่ 21 เริ่มต้นจากชุมชนเล็กๆ ของพ่อค้าเรือสำเภา ชาวญี่ปุ่นในหมู่บ้านสันนิษฐานว่า มี 3 กลุ่ม ได้แก่ พ่อค้า โรนิน หรือนักรบญี่ปุ่นที่เจ้านายของตนเสียชีวิตไปในสงครามกลางเมือง ซึ่งได้เข้ามาเป็นทหารอาสาญี่ปุ่นในอยุธยา และชาวญี่ปุ่นที่นับถือศาสนาคริสต์ เดินทางออกจากญี่ปุ่นเพื่อเสรีภาพในการนับถือศาสนา ต่อมาได้รับพระมหากรุณาธิคุณจากพระมหากษัตริย์พระราชทานที่ดินให้ตั้งหมู่บ้าน
• ดาบญี่ปุ่น ดาบอยุธยา นักรบญี่ปุ่น หรือ ชนชั้นซามูไร พกดาบ คาตานะ เป็นอาวุธในการต่อสู้เพื่อรักษาเกียรติยศ นักรบญี่ปุ่นเริ่มเข้ามารับราชการเป็นกองอาสาในกองทัพกรุงศรีอยุธยาตั้งแต่รัชกาลสมเด็จพระมหาธรรมราชา ทำให้ทหารอยุธยาเริ่มรู้จักและนิยมดาบญี่ปุ่นเกิดการผลิตดาบอยุธยาทรงญี่ปุ่น แพร่หลายทั้งในกรุงศรีอยุธยา และนครศรีธรรมราช
• ยามาดะ นางามาซะ (ออกญาเสนาภิมุข) ขุนนางชาวญี่ปุ่นในราชสำนักอยุธยา หัวหน้าชาวญี่ปุ่นและเจ้ากรมอาสาญี่ปุ่น ในรัชสมัยสมเด็จพระเจ้าทรงธรรม ได้รับแต่งตั้งเป็นออกญาเสนาภิมุข ท่านมีบทบาทในการเชื่อมสัมพันธ์ทางการค้าระหว่างสยามและญี่ปุ่น และได้รับการยกย่องในความซื่อสัตย์จงรักภักดีต่อพระมหากษัตริย์ผู้เป็นเจ้านาย
• ท้าวทองกีบม้า (มารี ดอญา กีมาร์ เดอ ปีนา) สาวอยุธยา ลูกครึ่งเชื้อสายโปรตุเกส-ญี่ปุ่น ครอบครัวเป็นชาวคาทอลิก อาศัยอยู่ในหมู่บ้านโปรตุเกส มารีสมรสกับออกญาวิชาเยนทร์ หรือคอนสแตนติน ฟอลคอน (เสนาบดีกรมท่าในรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช) ช่วงปลายชีวิตรับราชการตำแหน่ง ท้าวทองกีบม้า หัวหน้าพนักงานวิเสทกลาง (ครัว) ดูแลของหวานแบบเทศ เธอได้รับการยกย่องว่าเป็นต้นตำรับขนมตระกูลทอง ได้แก่ ทองหยิบ ทองหยอด ฝอยทอง ซึ่งได้รับอิทธิพลมาจากอาหารโปรตุเกส
ส่วนที่ 2
ชมมัลติมีเดีย เรื่อง ยามาดะ นางามาซะ และท้าวทองกีบม้า ชาวญี่ปุ่นผู้รับราชการในราชสำนักสยาม สมัยกรุงศรีอยุธยา รู้จักนางาซากิและเดจิมะ เมืองท่าสำคัญของญี่ปุ่นในคริสต์ศตวรรษที่ ๑๗ ร่วมถ่ายภาพกับกองทหารอาสาญี่ปุ่น โรนินพลัดถิ่นที่มาเป็นกองทหารอาชีพเข้มแข็งและมีฝีมือในกองทัพพอยุธยา พร้อมบรรยากาศจำลองโบสถ์ของบ้านโปรตุเกสริมแม่นํ้าเจ้าพระยา