ลีซอนับถือผีเป็นส่วนใหญ่เช่นเดียวกับชาวเขาเผ่าอื่นๆจะมีอยู่บ้างที่ หันมานับถือศาสนาพุทธและศาสนาคริสต์ การนับถือผียังคงพบเห็นในหมู่บ้านโดยทั่วไป มีผีประจำหมู่บ้าน ผีบ้าน ผีเรือน ผีหลวง ผีป่า ผีน้ำหรือผีลำห้วย ผีต่างๆอาจแบ่งออกเป็นผีดีและผีร้าย ผีดีเป็นผีที่ให้คุณแก่พวกเขา เช่น ผีประจำหมู่บ้าน ผีบรรพบุรุษ ผีบ้านผีเรือน ส่วนผีร้ายได้แก่ผีป่า ผีคนตายไม่ดี เช่น ถูกยิงตาย หรือถูกฟ้าผ่าตาย
บุคคลสำคัญที่มีบทบาทสำหรับความเชื่อเหล่านี้มี ๒ คน คือ
1.หมอเมือง เปรียบเสมือนผู้นำทางศาสนา เป็นผู้ทำพิธีบูชาผีประจำหมู่บ้าน จะมีวันศีลทุกๆ ๑๕ วัน ต่อครั้ง ซึ่งเขาจะหยุดทำงานกันทั้งหมู่บ้านห้ามใช้มีดหรือของมีคมทุกชนิด แต่การล่าสัตว์ในป่าบางหมู่บ้านไม่มีข้อห้าม หมอเมืองเป็นผู้รู้มีความสามารถในพิธีเกิด ตาย แต่งงาน พิธีเรียกขวัญ ทำบุญสร้างศาลา ฯลฯ
2.หมอผี เป็นผู้ทำการติดต่อระหว่างผีกับคนโดยเฉพาะหมอผีเป็นผู้กระทำตนเป็นสื่อกลาง ระหว่างผีกับคนโดยเฉพาะเมื่อเกิดความเจ็บป่วย เมื่อมีการเจ็บไข้ โดยไม่ทราบสาเหตุ หมอผีจะเป็นผู้ติดต่อกับผีและเป็นผู้รักษาความเจ็บป่วยเหล่านั้น ลีซูเชื่อกันว่าถูกผีกระทำเขาจะให้หมอผีมาเข้าทรงเชิญวิญญาณมาสิงในร่างหมอ ผี ถามเหตุแห่งความเจ็บป่วย และหมอผีเป็นผู้รักษาความเจ็บป่วยผลการรักษาก็มีหายบ้างไม่หายบ้าง แต่ปัจจุบันลีซูหันมานิยมการใช้ยาตำราหลวง หรือถ้าเจ็บป่วยหนักก็มักจะเดินทางไปรักษาที่โรงพยาบาลกันมาก
หมู่บ้านหนึ่งอาจมีหมอผีคนเดียวหรือหลายคนก็ได้ หมอเมืองและหมอผีไม่มีการสืบสายต่อไปยังบุตรหลาน หมอเมืองเป็นได้โดยการใช้ไม้คว่ำหงายเสี่ยงทาย ส่วนหมอผีเป็นโดยมีวิญญาณเข้าฝัน หมอทั้งสองประเภทนี้เป็นได้เฉพาะผู้ชาย ผู้หญิงเป็นไม่ได้ และมีการสืบทอดตำแหน่งไปยังบุตรชาย เชียงใหม่ เชียงราย แม่ฮ่องสอน ลำปาง อุทัยธานี สุพรรณบุรี และตาก