เมื่อปี พ.ศ. 2499 กรมศิลปากรได้ขุดแต่งพระปรางค์ ได้พบกรุใต้ห้องเรือนธาตุของพระปรางค์ พบตลับทองรูปปลาภายในบรรจุสิงโตทองคำ ด้านล่างกรุพบ ผอบศิลาบรรจุพระบรมสารีริกธาตุ ภายในมีสถูปซ้อนกัน 6 ชั้น ชั้นในสุดบรรจุพระบรมสารีริกธาตุ ปัจจุบันเก็บรักษาและประดิษฐานอยู่ ณ พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เจ้าสามพระยา